公元1368—1402年，元朝的大都被明军攻陷以后，元朝皇帝仓皇出逃，率领剩余的部队退居蒙古高原，国号仍旧为大元，故称北元。特别注明：北元政权是元朝的一个特殊阶段，在元朝的最后一名皇帝败亡之后便标志着元朝统治的彻底结束，蒙语文献中也就不再使用大元这一国号。而且只有惠宗、昭宗有谥号。
元惠宗的蒙古名字是妥欢帖睦尔，元朝的末代皇帝，同时也是北元政权的第一位皇帝，在皇室宗庙中号惠宗。当时明太祖朱元璋认为元惠宗顺天应人，于是便给元惠宗上一个顺帝的谥号，但北迁的元朝廷并未接受此谥号，而另上谥号为宣仁普孝皇帝，他的蒙古文谥号则为乌哈噶图可汗。
惠宗皇帝是元明宗长子，元武宗的长孙。妥欢帖睦尔的母亲姓罕禄鲁氏，名叫迈来迪，是郡王阿儿厮兰同裔的孙女。当初，太祖夺取西北诸国，阿儿厮兰率部属前来归降，被封为郡王，统领他的部族。明宗到北方狩猎时，路过他的领地，娶罕禄鲁氏为妻。延祐七年（1320）四月丙寅，生帝于北方。
至顺元年（1330）夏四月，文宗将立其子阿剌忒纳答刺为皇太子，乃以八不沙皇后言明宗平日谓太子非其子，使翰林学士阿怜帖木耳等书其事于《脱卜赤颜》，于是将妥欢帖睦尔送往高丽，让他居住大青岛中，不与人接触。过了一年，又诏告天下，说明宗在漠北之时，一直说妥欢帖睦尔不是自己的儿子，又把妥欢帖睦尔送到广西之静江（今广西桂林）。
至顺三年（1332）八月己酉，文宗驾崩，遗命传位于元惠宗。燕铁木儿请求文宗皇后让太子燕帖古思即位，文宗皇后没同意，命明宗次子懿璘只班即位，是为宁宗。十一月壬辰，宁宗崩，复言于皇太后，请立文宗子燕帖古思。皇太后曰：吾儿尚幼，妥欢帖睦尔在广西，今年十三矣，且明宗长子，宜立之。宁宗驾崩，燕铁木儿再次请求让燕帖古思即位，文宗皇后说：我的儿子还小，妥欢帖睦尔在广西，今年十三岁了，而且是明宗之长子，理当由他即位。于是命中书左丞阔里吉思带着仪仗队到广西静江去接妥欢帖睦尔。
至顺四年（1333）春二月，帝至良乡，具卤簿导入。燕铁木儿与帝并马徐行，陈迎立之意。帝畏之，不能答。燕铁木儿疑帝意不可测，故帝至，久不得立。国事皆决于燕铁木儿，奏皇太后行之。燕铁木儿见到妥欢帖睦尔以后，与妥欢帖睦尔并马徐行，向妥欢帖睦尔说明准备迎接他继承皇位之意。妥欢帖睦尔年幼而且心中害怕，一无所答。于是燕铁木儿很是怀疑，所以妥欢帖睦尔到京之后，并没有马上继承皇位。正赶上太史也说妥欢帖睦尔不可立，立则天下大乱，由于这个缘故，朝议没有做最后的决定。在这以后的几个月时间，国家大事都由燕铁木儿决定，上奏文宗皇后再执行。不久，燕铁木儿死，太后又与大臣们商定由妥欢帖睦尔即位，并且说：帝（妥欢帖睦尔）万岁之后，再传位于燕帖古思，就像武宗、仁宗的故事一样。诸王宗戚奉上玺绶劝妥欢帖睦尔即位。
至顺四年（1333）六月己巳，妥欢帖睦尔在上都即位，大赦天下，诏曰：洪惟我太祖皇帝受命于天，肇造区夏。世祖皇帝奄有四海，治功大备。列圣相传，不丞前烈。我皇祖武宗皇帝入纂大统。及致和之季，皇考明宗皇帝远居沙漠，札牙笃皇帝域定内难，以天下让。我皇考宾天，札牙笃皇帝复正宸极。治化方隆，奄弃臣庶。
冬十月，改元元统，诏曰：在昔世祖皇帝绍开丕图，稽古建元，立经陈纪，列圣相承，恪遵成宪。肆予冲人，嗣大历服，兹图治之云初，嘉与民而更始。乃新纪号，诞告多方，其以至顺四年为元统元年。
当时，有一个叫阿鲁辉帖木儿的人，是明宗亲信的大臣，对顺帝曰：统治天下的事情十分重要，应该委托宰相决定，他做得好坏都是他的责任；如果皇上亲自处理事务，处理不好就一定会背负恶名。惠宗皇帝相信了他的话，从此以后深居宫中，什么事情都不专断。当时右丞相伯颜的势力很大，控制朝政，十分排斥南人，在他的意志左右之下先后颁布了诸多禁止南人参与政治的法令，同时要求皇帝取消科举制度，与汉族划分界限，汉人禁止学习蒙古的语言以及其他文化。伯颜的做法激化了蒙古与其他各族之间的矛盾。
伯颜专权所导致的乱象都被元顺帝看在眼里，但他表面不动声色，暗中却在等待时机。他与伯颜的侄儿脱脱早已图谋除掉伯颜。而伯颜也蠢蠢欲动，与卜答失里合谋以燕帖古思取代惠宗。至元六年（1340）二月，惠宗与脱脱利用伯颜出猎之机，发动政变，罢黜伯颜，先贬为河南行省左丞相，再流放。朕践位以来，命伯颜为太师、秦王、中书大丞相，而伯颜不能安分，专权自恣，欺朕年幼，轻视太皇太后及朕弟燕帖古思，变乱祖宗成宪，虐害天下。加以极刑，允合舆论。朕念先朝之故，尚存悯恤，今命伯颜出为河南行省左丞相。所有元领诸卫亲军并怯薛丹人等，诏书到时，即许散还。元惠宗这才大权在握，立即任命脱脱担任丞相，力图革新朝政。
至正元年（1341）春正月己酉朔，改元，诏曰：朕惟帝王之道，德莫大于克孝、治莫大于克贤。朕早历多艰，入承大统，仰思祖宗付托之重，战兢惕厉，于兹八年。慨念皇考，久劳于外，甫即大位，四海觖望，凤夜追慕，不忘于怀。至正是元惠宗的第三个年号，也是元朝的最后一个年号。
至正三年（1343），元惠宗下令修撰辽史、金史、宋史三史，由右丞相脱脱（后改由阿鲁图）主持，于至正五年（1345）修成。至正六年（1346）四月，颁行《至正条格》。史称至正新政。
末代皇帝元惠宗天生有制器的本领，他自己绘制图纸、设计，制作了一个自动报时器，后来又动手制造宫漏。出自元惠宗之手的器物大都十分精巧，为当世罕有，世人将其称作鲁班天子。元惠宗后期怠于政事，荒于游宴，朝廷内部明争暗斗，矛盾重重，这一切给南方农民起义军提供了发展壮大的机会。
元至正二十八年（明洪武元年，1368）春正月初四，吴王朱元璋祀天地于南郊，即皇帝位，定有天下之号曰明，建元洪武。闰七月十四日，常遇春克德州（今山东省德州市）。二十八日，徐达率诸将攻入通州（今北京市通州区）。
闰七月二十八日，元惠宗在清宁殿集王宫后妃、皇太子、皇子妃一同商议避兵北行。后又召见群臣，颁布谕旨，要巡幸上都。群臣鸦雀无声，没人提出异议。只有知枢密院事哈剌章极力上奏，认为通州已经被攻陷，皇室人员、大臣等人的一行车马可能刚一出城就会束手就擒，性命难保。当年金宣宗南奔之事就是前车之鉴。恳请皇上下令死守都城，等待援军。元主徘徊叹息曰：今日岂可复作徽、钦（像宋徽宗、钦宗坐待被俘）!遂决计北徙。惠宗皇帝说：也速已经败退，扩廓帖木儿远在太原，哪里还有援兵可以等待呀？命淮王帖木儿不花监国，丞相庆童留守。然后就退朝回宫了。
这天晚上，三更过后，元惠宗妥欢帖睦尔的车驾从健德门出城，前往上都（今内蒙古自治区正蓝旗境内）。同行的有三宫后妃、皇太子、皇太子妃及左丞相失烈门、平章政事臧家奴、右丞相定住、参知政事哈海、翰林学士承旨李百家奴、知枢密院事哈剌章、知枢密院事王宏远等百余人仓皇出城。元廷在退回北方草原后仍然保持着完整的政权形式，继续使用大元国号，这个政权史称北元。
二十九日，元惠宗一行到达居庸关（今北京市昌平区境内）。当时，由于红巾军起义的打击，道路萧条，居庸关居然空无一兵。皇帝车驾到达时，竟没有任何接待。元惠宗感叹说：朕不出京师，怎能知道外面的事情已经到了这样的地步呢？这天，惠宗颁布诏谕，命也速率本部兵马奔赴行在。
三十日，天降大雨，惠宗一行驻扎在鸡鸣山（今河北省张家口市境内）。辽阳行省左丞相也先不花的奏疏到达，请求觐见，惠宗阻止。这天夜里，鸡鸣山西北峰发生山崩，声如巨雷，皇帝御营中的人马全部受到惊吓，惠宗到行殿召见群臣，以为是红巾军来到这里。直到黎明时分，情况才稳定下来。八月初一，大雨未停，道路泥泞，傍晚驻跸营口。哈剌章奏请皇上火速召扩廓帖木儿前来救援，皇上准奏。初二日，车驾继续冒着大雨前行，大臣们的衣服都被淋湿了，气温也急剧下降，有的随从佐吏甚至被冻死。皇上为军中事情烦恼，命翰林学士承旨观音奴兼知枢密院事。观音奴是三十日从京师出发的，接旨后在马前谢恩，惠宗命近臣辅佐他。辽东参政赛因帖木儿率五千骑兵军容整齐地觐见皇上，惠宗甚感欣慰，慰劳他们。初五，也速奏报京师失守，淮王和丞相庆童死在京师。参知政事张守礼正在从京师赶赴皇帝行在。
八月十五日，惠宗终于到达上都（今内蒙古自治区正蓝旗境内）。这时的上都，经过红巾军与元军的战事，宫殿官署都被焚毁，民间房屋间或有少量幸存者，而且粮饷匮乏。也速献币二万匹、粮食五千石，元廷才得以立足。
元廷虽然退出大都，回归大漠，但是回到了以往的故都，过去的一切似乎都没有失去，元朝在名义上虽然灭亡了，但还不能说是真正意义上的灭亡。当时，北元除领有蒙古故地以外，还有扩廓帖木儿（别名王保保）屯兵十万于山西、甘肃一带；李思齐的十万兵马驻守陕西；此外还有张思道、孔兴、脱列伯等拥兵万人的小股势力，分别据守陕西、甘肃等地，纳哈出雄踞辽东，拥兵二十余万人，并与高丽关系密切；丞相也速驻守永平路（今河北省卢龙县），也先不花驻守辽阳；梁王把匝剌瓦尔密仍占据云南。甘肃以西哈密、赤斤、火州、吐鲁番等地，青海、宁夏一带都在元廷控制之下。因此，北徙的元廷仍然控制着大范围的领土：东起贝加尔湖、兴安岭山麓，西到天山，北至额尔齐斯河及叶尼塞河上游，南抵长城。并且与东面的藩属国高丽，西面的蒙兀儿斯坦、中亚的帖木儿帝国还保持着联系。在这种形势之下，蒙古各部的将领分别率领各自的兵马，接受元惠宗的统一指挥，力图恢复旧疆，重新建立在全中国的统治。
元惠宗在去上都的路上，就已经着手恢复元朝旧疆的大计了。初七日，左丞相失烈门死，任命辽阳行省左丞相也速不花为中书省左丞相，任命木华黎后裔纳哈出为辽阳行省左丞相。初九，惠宗一行到达中都，任命李仲时为兵部尚书，到高丽去征兵。到上都后，又加任纳哈出为太尉，昼夜焦劳，召见省臣或至夜分。二十四日，上都的行枢密副使乃蛮台觐见，惠宗将其军留在上都，作为上都宿卫。九月，元惠宗召见群臣，询恢复之计。分别加封也速为梁王、扩廓帖木儿为齐王。派遣皇太子率军奔赴红罗山屯守，与驻守辽东、大宁的元军成掎角之势，将整个东北控制在手中，使辽阳行省与上都能够相互呼应。同时，元惠宗还诏高丽王发兵至上都，听候调遣。其目的是保住北方领土，并以北方为基地，进而向中原进军。
元廷北徙上都不久，元惠宗就颁布诏谕，命扩廓帖木儿率兵自太原出雁门关，由保安州经居庸关以攻北平，夺回大都。初元主北奔，命扩廓帖木儿复北平。因是率兵出雁门关，将由保安州经居庸关以攻北平。扩廓帖木儿接受命令，率兵从雁门关出发，由保安州经居庸关进攻大都。明将徐达认为这是一个有利时机，采用批亢捣虚之术，趁扩廓帖木儿出兵大都之机，率军突袭太原，大败其军。扩廓帖木儿仅率十八骑北走大同，以后转战于山西、甘肃等地。
至正二十九年（明洪武二年，1369）正月丙申朔，颁新历于高丽，高丽国遣使贡方物。元惠宗封扩廓帖木儿为中书右丞相，处理内政事务，又颁布诏令命丞相也速驻守全宁州。二月，由于大军出征山西，北平守兵单寡，通州城中亦不足千人，北元丞相也速想趁机率军入侵通州，于是率领万余骑兵在白河扎营。明军守将平章曹良臣曰：吾兵少不可以战，彼众虽多，然亡国之后，屡挫之兵可以计破。于是秘密派遣指挥仵勇等在沿河船只中各树赤帜，延续三十余里钲鼓之声相闻。也速望之惊骇，遂引兵遁去，曹良臣派出城中精骑，渡白河追之，至蓟州不及而还。四月，明太祖获悉元军攻打通州，命西进的副将军常遇春和李文忠率明军步卒八万、骑兵一万由陕西回援北平。蓟北悉平。
二月，徐达、常遇春、冯宗异等率军从太原出发，向陕西进军。四月，右副将军冯宗异的兵马到达临洮，李思齐投降，冯宗异派人将李思齐送到大将军徐达的军营。
至正二十九年（明洪武二年，1369）五月，徐达派兵进攻庆阳，先是右副将军冯宗异、参政傅友德闻张良臣叛率师自临洮到达泾州。
至正二十九年（明洪武二年，1369）六月，徐达率诸军从泾州直奔庆阳，令右副将军冯宗异、御史大夫汤和、都督副使顾时、参政戴德以兵四面包围庆阳。八月，明军攻克庆阳。明军夺取了陕西全境。元顺帝迫于明大军武力威胁，再次迁都至应昌。元顺帝撤出大都后组织的三次收复大都的战争都以失败告终，但北元政权始终没有放弃对明朝的进攻。
庆阳之战结束以后，明军主力南撤，北元方面只有扩廓帖木儿和其他几支北元军队盘踞甘肃。至正二十九年（明洪武二年，1369）年底，扩廓帖木儿南下围攻兰州，击败前来援助的明军。
至正三十年（明洪武三年，1370）正月，明军兵分两路，再次发动北征。任命魏国公徐达做征虏大将军，带领军队正面作战和扩廓帖木儿进行最后的决战。曹国公李文忠（朱元璋姊子）为左副将军、宋国公冯胜为右副将军，派他们出居庸关入沙漠直捣应昌（今内蒙古自治区克什克腾旗境内），掩袭北元朝廷，使其君臣不得应援。明朝多次进攻北元所统治的东北地区以后，北元损失了几十万的兵力，不得不退居沙漠腹地，再也无力与明朝一较长短，此时明朝大势已成，逐渐将全国掌握在手中。同时也宣告北元恢复旧疆的企图彻底失败。自此以后，北元汗廷迁至应昌。
四月，元顺帝妥欢帖睦尔因痢疾在应昌病逝，终年51岁。庙号为惠宗。太子爱猷识理答腊继位，是为北元昭宗。
元惠宗是元朝皇帝中接触中原文化最深的一个，也是一个多才多艺的皇帝。惠宗自以新意制宫漏，奇妙为前所未有，又晓天文灾异。至元二十二年，白气起虚危，扫太微垣，台官奏山东应大水。帝曰：‘不然，山东必陨一良将。’未几，察罕帖木儿果为田丰所杀。其精于推验如此。乃享国三十余年。帝淫湎于上，奸人植党于下，戕害忠良，隳其成功。迨盗贼四起，又专务姑息之政，縻以官爵，豢以土地，犹为虎傅翼，恣其抟噬。
孟子有言：安其危，而利其灾，乐其所以亡者。呜呼，其帝之谓欤！然北走应昌，获保余年；视宋之徽、钦，辽之天祚，犹为厚幸焉。元惠宗至死未能再回中原。明太祖朱元璋给元惠宗加号顺帝，认为妥欢帖睦尔在国破家亡之时，能够顺依天命，放弃做无畏的抵抗，所以历史上也称其为元顺帝。
在元朝皇帝中，元惠宗的汉文化水平最高，对诗词歌赋情有独钟，元廷北徙，元惠宗赋诗抒发自己的悲伤情感。先是，汗居应昌，常郁郁不乐，作歌曰：‘失我大都兮，冬无宁处；失我上都兮，夏无以逭暑。惟予狂惑兮，招此大侮；堕坏先业兮，获罪二祖。死而加我恶谥兮，予妥欢帖睦尔奚辞以拒？’歌声甚哀。继之以泣。至今蒙兀人尚能按之。
汗性好技巧，尝于内苑造龙船，自制模型，委供奉少监塔思不花监匠仿作。船成，首尾长百二十尺，广二十尺。前瓦帘穿廊、两暖阁，后吾殿楼子，龙身及殿宇皆五彩金涂，行时龙首口、眼、两爪及尾胥动。水手二十四人，黄袜额、服紫衫，束金荔枝带。于船之两舷各手一篙，自后宫至前宫山下海子内，往来游戏。又自制宫漏，约高六七尺，广半之，造木为匮，藏诸壸其中，运水上下，匮上设西方三圣殿，匮腰立玉女，奉时刻筹，时至辄浮水而上，左右列二金甲神，一县钟，一县钲。夜则神人自能按更而击，无分豪差，当钟钲之鸣，狮凤在侧者皆翔舞。匮之东西有日月宫，飞仙六人立宫前，遇子午时，飞仙自能耦进，度仙桥达三圣殿，已复退立如前。精巧绝伦，前代未有。元惠宗喜欢各种技巧，能够制作各种精巧的模型。
汗冲龄践阼，颇能尊师重道，自诛伯颜，躬裁大政，一时有中主之目。久之昵比群小，信奉淫僧，肆意荒嬉，万几怠废，宫庭亵狎，秽德章间。遂令悍妻干外政之柄，骄子生内禅之心，奸相肆蠹国之谋，强藩成跋扈之势。九重孤立，威福下移，是非不明，赏罚不公，水旱频仍，盗贼滋起。人心既去，天命随之矣。元惠宗妥欢帖睦尔年幼时即位，非常尊师重道。亲政以后，他勤于政事，采取了一系列改革措施，以挽救元朝的统治危机，包括颁行法典，加强廉政，选拔人才。但这些措施未能从根本上解决积弊已久的社会问题，导致元末农民大起义的爆发。后期逐渐怠政，沉湎享乐，元廷内斗不断，外部民变迭起，无法有效地控制政局。终于在至正二十八年（明洪武元年，1368），逃离大都，北徙上都，却未能如愿恢复元朝旧疆，郁郁而死。
昭宗皇帝，名为爱猷识理答腊（1340—1378），蒙古族，北元第二位皇帝，元惠宗的长子，母亲是高丽贡女奇皇后，至正十三年（1353）被册立为皇太子。
元朝末年，惠宗皇帝怠于政事，荒于游宴，朝廷内部明争暗斗，矛盾重重，爱猷识理答腊试图联合扩廓帖木儿夺取帝位，造成了与元惠宗的关系十分紧张。元惠宗依靠孛罗帖木儿的势力打压爱猷识理答腊，至正二十四年（1364），孛罗帖木儿带兵直闯大都，爱猷识理答腊战败逃往太原。这里是扩廓帖木儿的势力范围，爱猷识理答腊准备在这里组织力量，反攻孛罗帖木儿。但孛罗帖木儿的专权引起元惠宗的不满，于是派人刺死孛罗帖木儿，并将孛罗帖木儿的人头送到太原，希望得到爱猷识理答腊的谅解，还颁布谕旨让太子返回京城。
至正二十八年（明洪武元年，1368），明朝将领徐达及常遇春率领大军攻破大都，爱猷识理答腊跟随元惠宗仓皇向北出逃。至正三十年（明洪武三年，1370）夏四月，惠宗崩于应昌，皇太子爱猷识理答腊继承了皇位，并于次年改元宣光。
北元昭宗爱猷识理答腊，胸怀大志，年轻气盛，早有君临天下之志，曾和母后联合欲迫惠宗禅位。这时的爱猷识理答腊，面对残破的大元江山，没有气馁。他振作精神，团结各派政治力量，延揽四方忠义，以为恢复之计。又赋诗自励：昨夜严陵失钓钩，何人移上碧云头，虽然未得团圆相，也有清光遍九州。抒发了他临危不惧，处变不惊，自强不息，立志复国，匡扶帝业的雄心壮志。
至正二十九年（明洪武二年，1369）五月，东路军李文忠围攻应昌，昭宗已事先撤往和林（今蒙古国哈尔和林），明军攻克应昌，俘虏了惠宗嫡孙买的里八腊、后妃宫人等。同年，扩廓帖木儿也遭明朝西路军的进攻，兵败退往和林，与爱猷识理答腊会合。此后，北元汗廷迁至漠北。
宣光元年（明洪武四年，1371），辽阳行省平章刘益及王右丞以金、复、海、盖等州降于高丽。十月，高丽兵陷五老山寨，枢密副使哈利不花为之所获。
宣光二年（明洪武五年，1372）春正月，朱元璋命大将徐达、李文忠、冯胜率军15万人，兵分三路，北征蒙古。
二月，大将军徐达率师到达山西境内，派遣都督蓝玉率军作为先锋出雁门关。于是玉军进至野马川（今蒙古国乌兰巴托以南），遇胡寇追至乱山，寇反兵接战，玉击败之。蓝玉率军到达野马川，与北元军遭遇，追到乱山，北元军兵掉头迎战，被蓝玉击败。三月，都督蓝玉兵至土拉河，与王保保遇，击败其众，保保遁去。蓝玉所部来到土拉河，与王保保率领的北元兵相遇，双方交战，王保保兵败逃走。五月大将军徐达兵至岭北，与虏战失利，敛兵守塞。徐达率军到达岭北，与北元军交战失利，领兵退回边塞。
明朝三路大军，只有西路军取得了一定胜利，由于明军主力败退，北元军不断南下，逼近明朝近边。岭北战役，北元方面取得了重大胜利。这次胜利，使北元转危为安，明朝暂时放弃了统一北方草原的计划。
北元宣光三年（明洪武六年，高丽恭愍王二十二年，1373），北元遣伯都帖木尔及于山不花出使高丽，以玺书赐高丽王曰：顷因兵乱，播迁于北。今以扩廓帖木儿为相，几于中兴。王亦世祖之孙也，宜助朕复正天下。企图借助高丽的力量抗击明朝。王夜见元使曰：‘予眼疾，见日则大剧，故以夜待之。’盖畏朝廷知也。可见，恭愍王统治高丽时期，高丽倾向于明朝。
宣光四年（明洪武七年，1374）夏四月，扩廓帖木儿遣兵攻雁门，不克。十一月，扩廓帖木儿自将攻大同，亦不克。
宣光五年（明洪武八年，1375）夏四月，明将蓝玉陷兴扣，败元军于白酒泉。五月，昭宗徙帐于金山，丞相扩廓帖木儿卒。七月，明将李文忠败元军于大宁高州。初，明人陷应昌，获皇子买的里八剌，明太祖封为崇礼侯；至是遣归，并以手书通好。
宣光六年（明洪武九年，1376）春，伯颜帖木儿攻延安，为明将傅友德所败，降于明。
宣光七年（明洪武十年，1377）秋八月，有番僧自和林至高丽，谓高丽人曰：帝将以沈王孙为高丽国王。高丽人执之。后知其妄，释不问。
宣光八年（明洪武十一年，1378）夏四月，昭宗于金山去世，群臣上庙号曰昭宗皇帝，蒙古语称为必里克图汗。
昭宗的长子脱古思帖木儿继承皇位，改年号为天元，在位十年，蒙古语称为乌萨哈尔汗。
脱古思帖木儿是爱猷识理答腊之子，即被朱元璋俘虏又放回的买的里八剌，是北元第三位皇帝（1378—1388年在位）。至正三十年（明洪武三年，1370）在应昌时曾被明军俘虏，第二年被送还。北元昭宗宣光八年（明洪武十一年，1378）爱猷识理答腊死去，脱古思帖木儿继任北元皇帝，称乌萨哈尔汗，年号天元，故史书上也称为天元帝。
元至正三十年（洪武三年，1370）正月，朱元璋授命大将军徐达等将领率军往征沙漠，并且与多名将领商议后制定了详细的战略方针。明朝西路大军由徐达率领，一路破关斩将抵达甘肃。四月徐达与元朝将领扩廓帖木儿在沈儿峪口进行决战，徐达按照朱元璋拟定的作战方针最后取得了胜利。元军则被迫向漠北和林迁移。李文忠率部直接开往蒙古草原攻打元朝的大后方。五月十五日，明朝大军兵临应昌城下，仅仅一天便将应昌攻克。根据《明实录》的记载，明朝大军一路追击，攻克应昌城后捕获了大批元朝贵族，如元惠宗嫡孙买的里八剌并后妃等人，全部都派兵护送到明朝的京城。只有太子爱猷识理答腊率领亲兵逃出应昌城。当时买的里八剌并没有遭受虐待，而是受到了明军的优待。六月十八日，明太祖朱元璋携文武百官在奉天殿举行十分隆重的仪式，接见被送到京城的买的里八剌。明朝的皇后则在坤宁宫接见脱古思帖木儿的妃子等。明太祖朱元璋告诫明朝大臣说：历代改朝换代的时候，皇帝在俘获了前朝的妃子等往往都会虐待、欺压，或者赏赐给功臣，这不是有德的皇帝所为，我非常厌恶。现在元朝的脱古思帖木儿的妃子就在京城，并且害怕炎热，要特别小心伺候以免身体不适。如果她想回归故里，那么就派人将她护送回沙漠，万不可怠慢，否则必将严惩。
在朱元璋的关照之下，买的里八剌等人在明朝京城锦衣玉食，生活、饮食上都得到了极大的优待，也没有被限制人身自由，可随意出行。朱元璋派专门的人员负责管理买的里八剌等人饮食起居，事无巨细都处理得十分妥善。朱元璋还尊重蒙古人的习俗，命官员在祭祀的日子送牛羊马到买的里八剌的住处。历朝历代，每一个统治者都十分重视祭祖，感念先祖的恩德祈求庇佑子孙，从而得到心灵上的慰藉。在封建社会中祭祀是每年不可缺少的一个环节，作为统治者的朱元璋目光高远，允许政敌在京城祭祀其祖先，并提供一应物品的做法赢得了民心，这份政治气度便决定了朱元璋能够建立明朝绝不是运气使然。
洪武七年（1374）九月，朱元璋选派两名故元宦官护送买的里八剌返回北元，爱猷识理答腊去世后，买的里八剌继承了汗位，称脱古思汗。
洪武二十一年（1388）三月，朱元璋任命蓝玉为大将军点兵15万向北推进，力图将北元最后的力量瓦解。四月，永昌侯蓝玉的大军抵达百眼井，和捕鱼儿海之间的距离还有四十余里，放出兵哨寻不到蒙古人，便召回哨兵继续行进。天刚刚亮的时候军队到达捕鱼儿海，哨兵发现蒙古人的踪迹，最后经过探查发现蒙古军队的大营就在捕鱼儿海的东北方向大约八十里的地方。蓝玉当即任命马弼为阵前先锋，率领军队直扑北元大营。
北元皇帝脱古思帖木儿原本以为明军与纳哈出的战斗必然消耗了大量的粮草，无法在东北地区长时间作战，不会继续深入沙漠腹地，因此忽视了外围的防御，导致被明军突袭。另外由于天气的影响，明军前锋奔袭的过程中，风沙阻碍了蒙古哨兵的视线，根本无法及时发现明军的部队，直到明朝兵马到达营地附近，蒙古人才突然发觉，仓促应战之下被明军击溃。北元太尉蛮子虽率军顽强抵抗，试图击退明军，但军心本就不稳，无法组织有效的进攻，因此很快战败被杀，但却为脱古思帖木儿赢得了宝贵的脱身时间。明军俘获其次子地保奴等，聚铠仗焚之。又攻破其将哈剌章大营，尽降其众。于是漠北削平。捷奏至，太祖大悦，赐地保奴等钞币，命有司给供具。脱古思帖木儿虽然得以逃脱，却在逃亡途中被也速迭儿杀死。
这次捕鱼儿海战役之中，明军大获全胜，彻底清剿了元朝的残余军队，俘获嫔妃公主一百二十三人、官员三千余、马驼牛羊十五万多头，北元彻底失去了与明朝抗衡的希望，宣告着元朝统治的彻底结束。
脱古思帖木儿被追尊为乌萨哈尔汗，在他死后大元国号也就烟消云散，汉文庙号和谥号也不复存在。
恩克卓里克图（1358—1392），一说父为天元帝脱古思帖木儿，汗号为卓里克图汗。
脱古思帖木儿有子三人：长子恩克卓里克图、次子额勒伯克·尼古埒苏克齐汗、三子哈尔古楚克·都古仍·洪台吉。
恩克卓里克图，至正十九年（1359）生，明洪武二十二年（1389），年三十一岁，即位。在位四年，洪武二十五年（1392），年三十四岁崩。
额勒伯克（1360—1399），父为天元帝脱古思帖木儿，兄为卓里克图汗，1393年即位，汗号尼古埒苏克齐汗。
明洪武二十五年（1392），兄恩克卓里克图卒，无嗣，其弟额勒伯克于次年即位。
恩克
他死后由长子坤帖木儿于1400年继位。
额勒伯克
坤帖木儿（1384—1402），父为额勒伯克，1400年即位，汗号为昆特穆尔汗，于1402年被鬼力赤所杀。鬼力赤称可汗，去国号。
大事编年
至正二十八年（明洪武元年，1368）
闰七月，元惠宗率朝臣百官北走，到达上都。上都宫阙早已被毁，在辽阳行省左丞相也先不花的资助下，元廷得以立足。
九月，元惠宗召集群臣商议恢复大计。还诏高丽王发兵至上都，听候调遣。
十二月，太原之役，元将扩廓帖木儿败走大同，又至甘肃，明军占领山西。
至正二十九年（明洪武二年，1369）
正月，辽阳省纳哈出及平章洪宝宝遣使高丽。
二月，北元丞相也速几次进攻通州（今北京市通州区），都被明军击退。明军乘势北进。
四月，明军攻克上都，宗王庆生、平章鼎住被明军追及擒杀，一万将士被俘，上都陷落。惠宗从上都退往应昌。
明太祖遣符宝郎出使高丽，赐玺书及纱罗缎匹总四十匹，通报明朝的建立。
五月，高丽停用至正年号。
八月，庆阳之役，元军将领李思齐降明，明军攻取陕西全境。
高丽使臣如京师贺圣节。
十一月，纳哈出遣使高丽，进献马匹。
至正三十年（明洪武三年，1370）
二月，纳哈出遣使向高丽献方物。
四月，扩廓帖木儿与徐达率领的明军在沈儿峪口展开激战。扩廓帖木儿大败，仅与妻子和少数随从北渡黄河，跑到漠北和林，陕西、甘肃也被明朝占据。是月，惠宗死于应昌。
五月，明军围攻应昌城，惠宗之孙买的里八剌及后妃、诸王、官吏等多人被俘，解往京师。爱猷识理答腊率数十骑逃往和林。
七月，高丽始行洪武年号。
十二月，纳哈出遣使高丽。
宣光元年（明洪武四年，1371）
爱猷识理答腊即位，年号宣光。
四月，元辽阳守将平章刘益奉表归明，乃置辽阳指挥使司。不久刘益为元将所杀。
宣光二年（明洪武五年，1372）
四月，纳哈出遣使高丽献土物。
纳哈出为收复失地，率军攻陷牛家庄，烧仓毁粮十余万石，杀伤明军五千余人。
明军十五万人分东、西、中三路进攻北元，遭到北元军队的沉重打击，明军大败。
宣光三年（明洪武六年，1373）
北元取得岭北战役的胜利。
二月，北元遣使至高丽。
宣光四年（明洪武七年，1374）
明太祖遣使送回爱猷识理答腊丢在应昌的儿子买的里八剌，并致书爱猷识理答腊，南北对峙局面开始稳定。
九月，高丽王恭愍王暴薨。十二月，高丽如北元告丧。
宣光五年（明洪武八年，1375）
扩廓帖木儿死于漠北。纳哈出进攻明朝辽东地区，越过了辽、沈、海、盖等地直逼金州，给了明军很大的打击。
二月，以恭愍王无嗣，北元封沈王暠孙脱脱不花为王。纳哈出遣使去高丽问：前王无子，今谁嗣位耶？
五月，北元遣使赴高丽。
宣光六年（明洪武九年，1376）
二月，高丽遣李之富如定辽卫通好，仍察事变。又遣李原实聘于纳哈出。
三月，高丽遣判事金龙如定辽卫通好。
十月，纳哈出遣右丞九住赴高丽，归高丽行人文天式。高丽遣密直副使孙彦如北元。北元遣兵部尚书孛哥帖木赴高丽。
十二月，纳哈出遣使遗白金及羊与高丽。
宣光七年（明洪武十年，1377）
正月，纳哈出遣使送羊、马给高丽。
二月，北元遣翰林承旨孛剌的赍册、册命赴高丽。高丽正式奉北元正朔。北元遣豆个达赴高丽祭敬孝大王。纳哈出遣文哈剌不花来高丽。
三月，高丽遣三司左使李子松如北元，谢册命。高丽遣礼仪判书文天式报聘于纳哈出。
六月，文天式还自北元，献玉。
七月，北元遣宣徽院使彻里帖木儿去高丽，请挟攻定辽卫。
八月，高丽遣启禀使晋川君姜仁裕如北元，以赞成事。
十一月，高丽遣开城尹黄淑卿如北元贺节日。
十二月，高丽遣顺兴君王升如北元贺正。纳哈出遣使遗羊一百六十头，毛牛三首。
宣光八年（明洪武十一年，1378）
爱猷识理答腊死，脱古思帖木儿继位，称乌萨哈尔汗，年号天元。
九月，高丽复行洪武年号。
天元元年（明洪武十二年，1379）
六月，纳哈出遣文哈剌不花赴高丽。北元遣佥院甫非告郊祀。
天元二年（明洪武十三年，1380）
二月，北元遣礼部尚书时剌问、直省舍人大都闾，册禑为太尉。
三月，高丽遣密直副使文天式如北元贺节日册命。
七月，北元遣使颁敕。
天元三年（明洪武十四年，1381）
据守云南的元军遭明朝大军的征讨，明朝统一云南。
北元平章乃儿不花在边境地区被徐达击败。
天元四年（明洪武十五年，1382）
正月，纳哈出遣文哈剌不花赴高丽请寻旧好。
天元六年（明洪武十七年，1384）
十月，北元遣使赴高丽，至和宁府，遣护军任彦忠慰谕遣还。以道梗，留半岁而去。
天元九年（明洪武二十年，1387）
明军征讨纳哈出，最后纳哈出率部降明，其中仅官员将校就有三千三百多人。朱元璋封纳哈出为海西侯。
天元十年（明洪武二十一年，1388）
三月，蓝玉率师十五万北进。四月，来到捕鱼儿海（今贝尔湖）附近，脱古思帖木儿根本没有作战准备，太尉蛮子仓促上阵，很快战败被杀。脱古思帖木儿带着太子天保奴、知院捏怯来、丞相失烈门等数十人逃往和林方向。脱古思帖木儿在逃亡途中，被也速迭儿所杀。
去年号（明洪武二十二年至二十五年，1389—1392）
也速迭儿正式称汗，去年号不久即去世；脱古思帖木儿长子恩克卓里克图夺回汗位，称卓里克图汗。
（明洪武二十六年，1393）
额勒伯克是恩克卓里克图之弟，恩克卓里克图死后无嗣，额勒伯克即位，在位时间是1393—1399年，额勒伯克死后，由长子坤帖木儿即位。
（明建文二年，1400）
坤帖木儿即位，1403年被鬼力赤所杀，去国号。
之后14——17世纪为明代蒙古时期。
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